二、日本军部下令极力研究制造最有效的细菌武器和寻求其使用方法
所有这些细菌战部队，都遵照陆军省和参谋本部的指令，进行大规模的细菌生产、用活人进行试验和寻求使用细菌武器的最有效方法，陆军省和参谋本部为此提供了一切必要的原料、设备和材料。其生产细菌的能力，以731部队为例，在每个为期几天的生产周期内，最低限度能生产出3万万亿细菌，实际上已不计其数[5]。731部队以公斤为单位计算，每月培养出300公斤鼠疫菌、600公斤炭疽热菌和1000公斤霍乱菌，即直接从营养液浮面上撇出来的粘稠状细菌糊。
遵照日本军部的指令，关东军总司令通过司令部所属各部处，领导731部队研究及生产细菌武器的罪恶活动，如关于研究使用细菌武器的方法，关东军司令部组织了几个专门的委员会，由关东军参谋长、作战部长、第100或731部队长及关东军司令部个别军官参加。委员会关于使用细菌武器的决定，交由关东军总司令批准后，呈报给参谋本部，等参谋本部批准某种武器后，将此种决定通知关东军司令部，然后由关东军司令部颁发大量生产必要病菌的命令给731或100部队。关东军总司令山由乙三说：“所有关于使用细菌武器，以及编制必要部队来实际运用细菌武器的事宜，都是由参谋本部根据关东军司令部的报告策划的”，关于使用细菌武器的命令，则“则帝国大本营颁发”[6]。关东军军医处长?冢隆二也供认：“细菌武器的制造、试验和实际使用方面，都是遵照参谋本部的指令进行的”。
关于细菌试验的结果，即用活人实验的结果，则由731部队领导人越过关东军司令部，直接呈报，视其内容如何，或呈报给帝国大本营，或呈报给陆军省及军医研究院[7]。1644部队编制“日报”的军画兵石田甚太郎则揭露说，1644部队记录各研究室的实验结果和数据，及被实验者人数增减等机密事项，他每天都编写“日报”（一科日记），一式两份，其中一份送呈中支那派遣军总司令部[8]。所需要的经费，以731和100部队为例，按照参谋本部有关生产此种或彼种细菌武器的要求，由陆军省保证一切必要的经费，即由陆军省拨给，而由关东军司令部支付。
这样，在日本军部的严密管理和积极领导下，各细菌战部队经过各种研究试验，得出如下结论：即用传染病媒介物去传染饮用水及食物，是使用细菌武器的有效方法。并认为，鼠疫跳蚤最为合适，因为跳蚤既能保证鼠疫菌的安全，使它免受外界因素的影响，又可以使人体受到传染，以达到军事上的目的。为此，仅731部队，就使用了4500个饲育器，繁殖了几千万只乃至不计其数的跳蚤，饲养了十几万只老鼠。
但是，只有传染病媒介物，还不足以促成疫病的流行，还必须明白知道人的生理条件和特点。他们认为，只有在研究人的生理特点的基础上，才能知道用人工方法引起疫病流行的条件，所以731部队早在1933年加茂部队时期起、就用活人进行实验，来研究这种生理特点了。而为了用活人进行实验，在部队内设立了特殊的监狱，专门关押供实验用的中国人、苏联人和其他国家人。据调查，仅1940年至1945年5年中，在731部队内因被传染致命细菌而死亡的至少有3000人，1940年以前死亡的还没有计算在内。
其他的细菌战部队也都用活人做试验。如1644部队就用大批俘虏进行细菌试验，据日本学者森正孝和《每日新闻》记者朝野富三对17个日本当事人进行的调查，1644部队还与“九研”一起进行活人试验，其证言是：实验在极度秘密的情况下，于1644部队内供研究用的建筑物中进行，为防泄密，直接参加者限“九研”工作人员7人和1644部队军医2人。“九研”工作人员装作军医，在中国男俘胳膊上注射大剂量的剧毒和氰酸，观测其反应。一个亲自把氰酸注射到中国男子身上的“九研”技术人员A（住东京，1905年生）说：“若被（俘虏）察觉而闹起来就不好办了，所以干净利落地注射。该男子立即发生痉挛，身体哆嗦，微微颤抖。仅几十秒钟，就一边抽搐，一边气息奄奄。心脏完全停止跳动只几分钟。”[9]
最后，参谋本部批准了三种使用细菌武器的方法，即：一，由战斗机散插细菌；二，从飞机上投掷特种细菌炸弹；三，用细菌在地面上传染居民点、蓄水池、水井和牧场等等。
