经过史学界30多年的集中研究，南京大屠杀史学研究已具备了一定的规模，取得了一系列丰富的成果。
早在1960 年，南京大学教授高兴祖带领南京大学历史系日本史小组, 组织部分学生对南京大屠杀进行了详细调查研究,于1962年编辑完成了供南大内部教学用的《日本帝国主义在南京的大屠杀》一书。80年代，伴随着侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆的建设，史学界逐渐掀起了南京大屠杀史研究的热潮。
（一）收集了丰富的南京大屠杀史料
在1983年至1985年纪念馆筹建期间，编史、立碑、建馆同步进行，通过查找历史档案、普查南京大屠杀幸存者、采访见证人等方式，挖掘了南京大屠杀相关史料。1985年，纪念馆编辑出版了《侵华日军南京大屠杀史料》和《侵华日军南京大屠杀照片集》出版，这是战后国内最早公开出版问世的南京大屠杀专门史料书籍。1987年，纪念馆编辑出版了《侵华日军南京大屠杀史稿》。1994年，纪念馆编辑出版了《侵华日军南京大屠杀幸存者证言集》。1995年，《日本帝国主义侵华档案资料选编：南京大屠杀》出版。1997年，《侵华日军南京大屠杀档案》与《侵华日军南京大屠杀图集》出版。2005年，再次出版了《侵华日军南京大屠杀幸存者证言》。
获得了一批原日军侵华老兵的证言史料。在对200多名日本侵华老兵进行采访的基础上，2005年，《南京战：被割裂的受害者之魂——南京大屠杀受害者120人证言》和《南京战：寻找被封闭的记忆——侵华日军原士兵102人证言》出版。
有关南京大屠杀的第三方史料不断增加。1997年，纪念馆编辑出版了《侵华日军南京大屠杀外籍人士证言集》。1999年，《南京大屠杀——英美人士的目击报道》、《天理难容——美国传教士眼中的南京大屠杀（1937-1938）》等史料书面世。2012年，出版了《腥风血雨话金陵——明妮·魏特琳一九三七——一九三八年日记、书信和电文》。此外，《拉贝日记》、《魏特琳日记》等南京大屠杀期间留在南京的外籍人士日记的翻译出版，更加丰富了南京大屠杀史料。
2005年至今，南京大屠杀在史料发掘方面取得了里程碑式的发展，主要体现在两个方面：一是由南京大学张宪文教授主编的《南京大屠杀史料集》出版发行，共78卷，4000余万字，收录了英、美、德、日和中国各地档案馆、图书馆的文献资料与口述资料；二是由侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆、侵华日军南京大屠杀史研究会出版的“南京大屠杀史文献与研究系列丛书”，目前已经出版到35卷，内容涵盖了幸存者、遇难者、文化损失、新闻见证、加害者、外籍人士、西方外交官等方面的史料以及相关研究。上述史料丛书的发掘与出版，为研究者提供了极大的方便。
（二）发表了一系列南京大屠杀研究专著与论文
在整理、出版南京大屠杀史料的基础上，有关南京大屠杀的研究专著和论文不断面世。这些专著和论文的内容，涉及南京保卫战、南京大屠杀发生前的南京人口、南京大屠杀遇难人数、安全区与外籍人士研究、尸体掩埋与处理、财产损失、文化损失、南京大屠杀发生的原因分析、有关南京大屠杀案的审判、南京大屠杀中的个案研究、南京大屠杀整体史研究以及驳斥日本右翼分子妄图否定南京大屠杀存在的谬论等多个方面，并且翻译出版了日本、美国等海外南京大屠杀研究著作。2012年，《南京大屠杀全史》出版。2014年，列入国家十二五时期重点出版项目的《南京大屠杀辞典（大屠杀前）》出版，该书共有词条2600多条，近40万字，内容有南京大屠杀历史背景、日机轰炸南京与南京空战、日军攻击南京、南京安全区及其难民营成立、南京保卫战、南京沦陷等6篇。明年，《南京大屠杀辞典》的中卷和下卷将全部出版，成为南京大屠杀史学研究上的第一部辞书性著作。迄今为止，纪念馆整理和编辑出版各类图书120多本。
（三）建立了多个南京大屠杀史研究机构
1995年8月14日，由侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆牵头，在南京成立了国内第一个学术研究机构——侵华日军南京大屠杀史研究会，形成了以该研究会为依托，团结了国内外一批著名学者，并借助侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆的影响和支持展开南京大屠杀史研究。
1998年12月13日，南京师范大学成立了南京大屠杀研究中心，成为国内高校中最早专门从事南京大屠杀史学研究的学术机构。
2006年4月29日，南京大学南京大屠杀史研究所成立，成为国内高校中又一个研究南京大屠杀的重要阵地。
（四）形成了一支南京大屠杀史研究队伍
南京大屠杀史研究经过二三十年的快速发展，已形成了一支高素质的研究队伍。来自中国第二历史档案馆、江苏省档案馆、南京市档案馆、南京大学、南京师范大学、江苏省社会科学院以及侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆等各单位的许多专家学者现身南京大屠杀史学研究事业，取得了丰富的研究成果。此外，台湾、香港和日本、美国、加拿大、德国等海外学者和社会活动家也为南京大屠杀史研究作出了杰出的贡献。
